Misión: Ser una instancia rectora y de coordinación de la respuesta nacional al VIH e ITS con base en evidencia científica y en apego a la normatividad, con respeto a los derechos humanos, la diversidad y la perspectiva de género.

Visión: Lograr una tendencia sostenida en la disminución de la incidencia de Infección por VIH y de ITS, la eliminación de la transmisión vertical del VIH y sífilis; así como una óptima calidad de vida de las personas afectadas por el VIH e ITS.

Valores: El Centro Nacional para la Prevención y el Control del VIH/SIDA, hace suyo el "Decálogo" de valores de la Secretaría de Salud, que fundamentan el código de conducta del personal de la misma Secretaría consistentes en:

1) Respeto

2) Responsabilidad

3) Colaboración

4) Compromiso

5) Vocación de Servicio

6) Orgullo

7) Atención calidad y humana

8) Calidad

9) Innovación

10) Eficiencia, Eficacia y Efectividad